Al vanaf de oprichting in 1587 heeft de bibliotheek handschriften uit de Maleise wereld verworven. Die behoren inmiddels tot de oudste van dergelijke handschriften ter wereld. In de tweede helft van de negentiende eeuw werden drie omvangrijke collecties in de Leidse universiteitsbibliotheek opgenomen: de koloniale bibliotheken van de Delftse Academie en de Leidse Instelling tot opleiding van ambtenaren in Nederlands-Indië en het legaat van Herman Neubronner van der Tuuk. De collectie groeide aanzienlijk in de twintigste eeuw, met name dankzij het legaat van Christiaan Snouck Hurgronje en het zogenaamde ‘Projek Tik’ in Bali: transcripties van handschriften bewaard in Balinese collecties. Ook nu nog neemt de collectie in omvang toe.

Het spectrum aan talen en schriften omvat naast Europese talen en Maleis ook vele streektalen, zoals Javaans, Madurees, Soendanees, Atjehs, Minangkabaus en verschillende Batak talen, Rejang,  Balinees, Boeginees, Makassaars of Bimanees. Nogal veel handschriften in het Arabisch uit de UBL collectie zijn eveneens afkomstig uit Indonesië en Maleisië. Naast proza en poëzie bevat de handschriftencollectie godsdienstige en filosofische verhandelingen, medische teksten, rechtsliteratuur, brieven en wetenschappelijke notities. De teksten zijn genoteerd op inheems of Europees papier dan wel vastgelegd op palmblad, boomschors, bamboe, bot, koper of nog andere soorten schrijfmateriaal.

Handschriften uit het vasteland van Zuidoost-Azië (Myanmar, Laos, Thailand, Cambodja, Vietnam) zijn wel aanwezig in de collectie maar op een bescheiden schaal.

De collectie met Batakse pustaha’s van de Leidse universiteitsbibliotheek is de omvangrijkste en oudste ter wereld. Zij omvat circa 340 manuscripten, vooral verzameld door H.N. van der Tuuk (1824-1894) en C.A. van Ophuijzen. De manuscripten dateren vooral uit de negentiende en vroege twintigste eeuw. De catalogus van Voorhoeve (1977) biedt een uitgebreide beschrijving van de Leidse pustahacollectie.

Enkele duizenden kaarten van de regio worden beheerd in een andere bijzondere collectie: die van de de Kaarten en Atlassen, met een eigen webpagina. De meeste van deze kaarten behoren tot de KIT-collecties en kunnen gevonden worden in de Catalogus. Alle kaarten van de voormalige Nederlandse kolonies zijn digitaal beschikbaar in de kaart viewer van het KIT: Dutch Colonial Maps.

Meer informatie is te vinden in de subject guide Cartografische collecties.

Deze omvangrijke collectie weerspiegelt het extensieve onderzoek van de taalkundige en indoloog Herman Neubronner van der Tuuk (1824-1894). Tijdens zijn werk voor het Nederlands Bijbel Genootschap en later als taalambtenaar in Nederlandse koloniale dienst verzamelde hij handschriften in de Bataklanden en de districten van Lampung, op West Java en Noord Bali. Op Bali liet Van der Tuuk bovendien honderden Balinese tekeningen maken; deze verzameling berust eveneens in de Leidse Universiteitsbibliotheek. De catalogus van Hinzler (1986-1987: deel I en deel II) geeft gedetailleerde beschrijvingen en reproducties.

Meer informatie vindt u in de collection guide van de Herman Neubronner van der Tuuk collectie. 

Op 1 juli 2014 werd het beheer van de befaamde bibliotheek van het KITLV overgedragen aan de UBL. Sinds 1851 heeft het KITLV in grote aantallen gevarieerd en bijzonder materiaal met betrekking tot Zuidoost-Azië verzameld, waaronder veel handschriften en archieven maar ook zeldzaam gebruiksdrukwerk uit Nederlands-Indië en beeld- en fotomateriaal. Verdere informatie vindt u in de collection guide Library of the Royal Netherlands Institute of Southeast Asian and Caribbean Studies (KITLV) en de collection guides van de afzonderlijke archieven. 

Een deel van de KITLV-collecties bestaat uit romans, kranten en tijdschriften in het Sino-Maleis, geschreven en uitgegeven door Chinezen in Nederlands-Indië/Indonesië tussen 1870-1950. Deze collectie van Sino-Maleise teksten is uniek in de wereld. In 2010 werd door het KITLV een aanvullende collectie in opbouw van het Chinese Indonesian Heritage Center (CIHC) verworven. Deze stichting heeft als doel het erfgoed van de Chinezen uit Indonesië in Nederland te behouden en de kennis van hun geschiedenis en migratiegeschiedenis te bevorderen en vast te leggen. Deze collectie bevat onder ander brieven, eco-documenten en foto’s. Sinds 2014 werkt UBL samen met het CIHC, dat onder ander bemiddelt bij schenkingen door leden uit de Chinees-Indische gemeenschap.

Stukken uit de Bijzondere Collecties kunnen, afhankelijk van het soort materiaal, doorgaans via de online catalogus of de collection guides worden gevonden en aangevraagd. Informatie over het gebruik van het zoekportaal Collection Guides en de online catalogus vindt u bij bezoek en gebruik. 

In de online catalogus bevinden zich beschrijvingen van vele duizenden gedrukte werken, honderden manuscripten en verwijzingen naar de collection guides van collecties en archieven uit de koloniale en postkoloniale periode, onder meer behorend tot de bruikleencollecties van het KIT, het KITLV en van het voormalige Ministerie van Zaken Overzee.

In 2016 is een begin gemaakt met de online catalogisering van de Oosterse handschriften van de universiteitsbibliotheek (waaronder ruim 18.000 van Zuidoost Azië). De beschrijvingen zijn gebaseerd op gegevens uit reeds gepubliceerde catalogi. Zie voor een overzicht van deze catalogi: Collection Catalogues of the Holdings of Leiden University Libraries (afdeling B).