Hieronder volgen enkele kerncollecties en hoofdbestanddelen.

• Alchemistische handschriften — De 115 alchemistische handschriften uit de collectie-Vossius (signaturen beginnen met VCF, VCQ of VCO) zijn afkomstig uit de bibliotheek van koningin Christina van Zweden: oorlogsbuit tijdens de Dertigjarige Oorlog geroofd in de Duitse landen, vooral Bohemen en Beieren. Ze vormden lange tijd een moeilijk te benaderen en enigszins ondergewaardeerde deelcollectie. Daarin is verandering gekomen dankzij de catalogus van P.C. Boeren (1975) en de groeiende belangstelling voor hermetische teksten en de rol van natuurfilosofie en esoterie voor de ontwikkeling van de natuurwetenschappen in de zestiende eeuw.
• Alba amicorum — De collecties tellen ruim 140 alba amicorum van Leidse studenten of professoren. Deze vriendenboeken ontstonden in de zestiende eeuw in universitaire kringen. Studenten bezochten vaak meerdere universiteiten in Europa. Tijdens hun peregrenatio academica vroegen ze bevriende studenten en hoogleraren om een aandenken te noteren in een album. De Leidse universiteit is voor de verbreiding van het album amicorum binnen Nederland van groot belang geweest.
• Collegedictaten — In totaal ruim 850 Leidse collegedictaten, genoteerd door studenten uit vijf eeuwen. Vormen een belangrijke bron voor de studie van het academisch onderwijs en onderzoek.
• Libri annotati — Ongeveer 3.000 gedrukte werken met handgeschreven aantekeningen, meest van Leidse geleerden uit de zeventiende en achttiende eeuw, worden sinds jaar en dag beheerd als onderdeel van de Westerse handschriften. Ze berusten onder signaturen die beginnen met (kastnummers) 754-766. Deze zogeheten libri annotati zijn als gedrukt werk opgenomen in de online catalogus, meestal voorzien van een niet-zoekbare opmerking over de handgeschreven aantekeningen in het bewuste exemplaar. Zo bevat 766 E 21, exemplaar van de Opera omnia van Apuleius Madaurensis (Leiden 1723), onder meer aantekeningen van Jac. Tollius. Aan een elektronische ontsluiting op annotator wordt thans gewerkt.
• Archieven van personen en families — In de loop van vier eeuwen zijn (delen van) enkele tientallen persoonlijke nalatenschappen door de bibliotheek verworven en vanwege hun omvang en belang zelfstandig geplaatst. Naar hun ontstaanswijze kunnen ze worden onderscheiden in archieven en verzamelingen. De wetenschappelijke aantekeningen en correspondentie vervaardigd dan wel ontvangen door de historicus Johan Huizinga (1872-1945) vormen een archief (zie de collection guide). De brieven en handschriften van derden bijeengebracht door de Amsterdamse koopman Gerardus van Papenbroeck (1673-1743) kunnen een verzameling genoemd worden. Vaker treffen we echter mengvormen aan. Zo bevat de Lipsiuscollectie delen van de correspondentie en aantekeningen van Justus Lipsius (1547-1606), maar ook een aantal middeleeuwse handschriften die hij voor zijn onderzoek verwierf en gebruikte. Zowel de Bibliotheca Publica Latina als de handschriftencollectie van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde is een verzameling maar bevat vele archieven van Leidse geleerden of literaire auteurs.
• Archieven van particuliere instellingen, onder meer: Maatschappij der Nederlandse Letterkunde. — Waalse Kerken in Nederland (Bibliothèque Wallonne). — Bibliotheca Thysiana. — Legatum Stolpianum. — Uitgeverij De Erven F. Bohn. — Uitgeverij Bohn Stafleu Van Loghum. — A.W. Sijthoff’s Uitgeversmaatschappij.

De online catalogus

De online catalogus bevat:

• beknopte beschrijvingen van de handschriften en archieven. In de itemrecords wordt verwezen naar de hieronder vermelde gedrukte catalogi. Particuliere archieven zijn ontsloten via EAD’s die tevens via de catalogus te vinden zijn (zie collection guides hieronder). In enkele gevallen zijn de brieven in die archieven ook op itemniveau in de catalogus ontsloten.
• Beknopte beschrijvingen van collecties en archieven met hyperlinks naar de collection guides. Het is belangrijk te beseffen dat u via de catalogus niet de inventarissen en uitgebreide beschrijvingen binnen de collection guides zelf doorzoekt, enkel de beschrijvingen ervan op hoofdniveau.

Collection Guides
Het zoekportaal Collection Guides geeft informatie over de herkomst, de inhoud en de samenstelling van archieven en collecties. Bij een groeiend aantal archieven is een inventaris aan de collection guide gekoppeld met de mogelijkheid om direct stukken aan te vragen voor inzage op de leeszaal. De website heeft een uitgebreide zoekfunctie waarmee u zowel de collectiebeschrijvingen als de inventarissen kunt doorzoeken.

Van o.a. de volgende nalatenschappen en archieven zijn inventarissen aanwezig: Archieven Waalse Kerken in Nederland (Bibliothèque Wallonne). — Bibliotheca Thysiana: Archief. — Bohn, uitgeverij. — Kinsky. — Luzac, familie. — Maatschappij der Nederlandse Letterkunde: Archief. — Milo. — Sijthoff, uitgeverij. De meeste herkomstcollecties bevatten in meer of mindere mate modern handschriftelijk materiaal.

Indien een archief gedigitaliseerd is, bevat de inventaris hyperlinks naar de digitale reproducties in de beeldbank Digital Collections.

Digital Collections
Digital Collections is een beeldbank die ook apart doorzocht kan worden. Het bestand bevat een groeiend aantal digitale reproducties. Van veel handschriften zijn complete digitale facsimile's in kleur aanwezig, bijvoorbeeld van het album amicorum van Janus Dousa (BPL 1406). Ook zijn volledige collecties en archieven gedigitaliseerd, zoals dat van Nicolaas Beets, Conrad Busken Huet, François Haverschmidt en Arie Cornelis Kruseman. Op termijn zullen ook de archieven van Johan Huizinga en Christiaan Huygens volledig digitaal beschikbaar komen.

Niet alle beschrijvingen in de online catalogus zijn volledig. Meer gegevens bevinden zich in een aantal gedrukte catalogi en inventarissen waarin de belangrijkste handschriftencollecties en particulieve archieven zijn beschreven. U vindt deze toegangen bij elkaar in een aparte collection guide: Collection of catalogues of the Holdings of Leiden University Libraries, onder de volgende codes: A 1-9. — A 10.22. — A10.26. — A10.35. — A10.37. — D 1-5. — D 7-14. — D 16. — D 18-20. — D 22-29. — D 31. — M 2. — M 4.1. — M 6.1. — M 7-8. — M 11. — O 1-4. — P 2. — Q 1-24. — R 8-9. — R 11. — S 7.