De bibliotheek beheert omvangrijke bruiklenen met duizenden oude drukken – zoals de bibliotheek van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde (sinds 1876) en de Bibliothèque Wallonne (sinds 1998), en werkt samen met de Bibliotheca Thysiana, gevestigd aan het Rapenburg, waarvan de collecties in de Leeszaal Bijzondere Collecties zijn te raadplegen. Bij testament gesticht door de jong overleden jurist Joannes Thysius (1653) is dit de enige Nederlandse particuliere bibliotheek uit de zeventiende eeuw die in zijn oorspronkelijke behuizing bewaard is gebleven.

• Boeken gedrukt voor 1501 (incunabelen)
• Boeken gedrukt in Leiden
• Publicaties van Leidse hoogleraren
• Leidse proefschriften
• Pamfletten
• Efemeer drukwerk
• Gedrukte bronnen betreffende de Nederlandse taal- en letterkunde
• Gedrukte bronnen betreffende de vaderlandse geschiedenis (vooral de Tachtigjarig Oorlog)
• Geschiedenis van het protestantisme

Catalogus, Collection Guides en Digital Special Collections

Alle oude drukken zijn te vinden via Catalogus. In dit bestand staan ook:

• collection guides: gidsen met informatie over deelcollecties met oude drukken, zoals:
  Bibliotheca Thysiana (pamfletten). – Bibliothèque Wallonne (Waalse Kerken in Nederland). – G.J. Boekenoogen (1868-1930), volkskundige. – Emblem books. – Efemeer drukwerk. – Incunabelen. – Parochiebibliotheek Kethel. – Parochiebibliotheek Langeraar. – Maatschappij der Nederlandse Letterkunde. – P.A. Locatelli (1696-1774), componist. – P. Marchand (1678-1756), hugenoot/boekhandelaar. – E.M.  Meijers (1880-1954), jurist. – Nederlands Hervormde Kerk. – Remonstrants Seminarie. – D. Ruhnkenius (1723-1789), classicus. – Gedrukte resoluties van de Staten-Generaal en andere staatsstukken uit de periode van de Republiek. – I. Vossius (1718-1689), classicus. – J.J. Wepfer (1620-1695), medicus.
• titelbeschrijvingen van digitale versies, onder meer:
  – digitale versies van volksboeken (collectie-Boekenoogen) en efemeer drukwerk aanwezig in de universiteitsbibliotheek; klik de link View Online om ze bekijken in Digital Collections.

Gedrukte catalogi

In de loop der jaren zijn over het bibliotheekbezit talrijke catalogi gemaakt. Deze zijn te vinden in een aparte collection guide: Catalogues of the Holdings of Leiden University Libraries. Hierin wordt een kleine vierhonderd gedrukte publicaties behandeld, onderverdeeld in hoofdstukken (A-S) en met links naar de papieren exemplaren of digitale versies.

Vroeger werden de drukken samen met de handschriften beschreven in een aantal algemene catalogi (A 1 -A 9), die het totale bibliotheekbezit weergeven. Deze catalogi zijn een eerste hulpmiddel om vast te stellen of en wanneer een bepaalde oude druk in het bezit is gekomen van de bibliotheek.

Bibliotheekarchief en handbibliotheek

Meer gegevens over de verwerving en provenance van oude drukken staat in de archieven van de bibliotheek. Raadpleeg de collection guides Archief Universiteitsbibliotheek (secties A, C, G, J, L en V) en Archief van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde (sectie B, en supplement B 212-215). Met name de daar beschreven journaals en acquisitielijsten zijn belangrijke bronnen, naast de gedrukte bibliotheekcatalogi.

In de Handbibliotheek Bijzondere Collecties (tweede verdieping, ingang 4, rechts) staan tijdschriften, naslagwerken, bibliografieën en catalogi over westerse en oosters handschriften en drukken. De banden zijn geordend volgens de Library of Congress Classification. De LCC-plaatsingscodes in de catalogus en op de bandetiketten onderscheiden zich van de overige studiezalen doordat ze beginnen met “II-4”. Belangrijke onderwerpen:

• literatuur over de geschiedenis van de productie en distributie van het gedrukte boek (Z116-659) en het bibliotheekwezen (Z772-1000.5);
• bibliografieën betreffende het gedrukte boek: algemeen (Z1001-1121), per land (Z1201-4980).

Internetselectie

• Short Title Catalogue Netherlands (STCN) — Database met records van alle boeken gedrukt in Nederland in de periode 1540-1800. Ook opgenomen zijn summiere beschrijvingen van Nederlandse (post-)incunabelen.
• Bibliopolis (KB) – Geschiedenis van het gedrukte boek in Nederland
• Short Title Catalogue Vlaanderen (STCV) — Database met records van alle boeken gedrukt in Vlaanderen tot 1801
• Gesamtkatalog der Wiegendrucke (GW) — Database met records van alle Europese boeken gedrukt voor 1501
• Glossary of Early Modern Print Genres (Universiteit Utrecht) - Uitleg van termen in Engels, Nederlands, Frans, Duits, Italiaans en Spaans 
• Incunabula Short Title Catalogue (ISTC) — Database met records van alle Europese boeken gedrukt voor 1501
• Universal Short Title Catalogue (USTC) — Database met records van alle Europese boeken gedrukt voor 1601
• Heritage of the Printed Book Database (HPD) — Database met records van oude drukken (1455-1830) berustend in belangrijke Europese en Amerikaanse wetenschappelijke bibliotheken
• Digitale versies van drukken berustend in de universiteitsbibliotheek kunt u bekijken via Delpher, en binnenkort ook via Google Books, dankzij een project waarin boeken gedigitaliseerd worden